Bueno lo primero que deben hacer es ir a la carpeta C:/Archivos de Programa/Amnesia - The Dark Descent/redist/custom_stories/
Depende donde lo tengan instalado yo lo tengo así.
Y descomprimen el archivo RAR de la Custom Story. Luego copian la carpeta que va a extraer el archivo .rar y ahí lo pegan en custom_stories.
Puede parecer estúpido pero mucha gente no tiene ni idea donde va las custom stories, para los que sepan esto es una idiotez :P